Menyikapi program pemerintah melalui peraturan Kementrian Pendidikan dan Kebudayaan no 3 tahun 2020 maka Fakultas Bisnis dan Ekonomika Universitas Surabaya sudah menyiapkan program dan aktivitas bagi mahasiswa, dan dosen dalam lingkup Kampus Merdeka Merdeka Belajar (MBKM). Masing-masing jurusan sudah menyiapkan matakuliah-matakuliah yang dibuka untuk mahasiswa non-Ubaya (mahasiswa eksternal diluar Ubaya) dan non-FBE Ubaya (berbeda Fakultas dilingkungan Ubaya). Program MBKM juga ditindaklanjuti dengan kurikulum termuktahir di 3 program studi Strata 1 yang mengacu pada kerangka kerja MBKM. FBE Ubaya juga menjalin Kerjasama dengan beberapa kampus PTN dan PTS melalui Program Merdeka Belajar NUNI (Nationwide University Network in Indonesia).